2001년 1월 27일 명예회장직과 이사직 등 동아일보사의 모든 직책에서 물러난 뒤 구속되기까지 했다. 당시 그는 퇴임사에서 "개혁과 합법이라는 이름으로 자유민주주의를 훼손하려는 세력에 대해 엄정한 비판으로 자유민주주의를 지켜달라"고 김대중 정권을 맹비난했었다. 대법원은 최종심에서 그에게 벌금 30억원을 확정했다.
2001년 7월에는 탈세조사에 충격을 받은 고인의 부인이 투신자살해 큰 충격을 안겨주기도 했다. 이때부터 <동아일보> 오너 일가는 김대중-노무현 정권과 적대적 길을 걸어왔으며 이명박 정권 출범에 1등공신으로 평가받고 있다. 아이러니하게도 이명박 대통령이 취임하는 날, 고인은 유명을 달리 한 셈.
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준공 떨어져 입주할 날만 기다리는 서민
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동아일보 김병관회장 사망
군통수권자 이명박대통령은
개대중을 즉시 가택연금후
국제전범재판소 넘겨야
대한민국이 살아남음을 명심하라.
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