개정안은 고등학교 이하의 학교에 대해서는 교사회와 학부모회를, 대학에 대해서는 교수회, 학생회, 직원회를 법정 기구화 하도록 했다.
이는 학교의 조직을 사단화(社團化)하는 것으로서 학교는 기존의 노동조합에 추가하여 근로자 전체로 조직된 또 하나의 단체가 근로자의 이익을 위하여 활동하게 될 것이고, 사단법인과 똑같은 조직과 기능을 갖게 될 학부모회, 학생회는 총회의 결의로서 사단의 업무를 정하게 될 것이다.
이는 현행 사립학교법제의 기본 성격에 위배될 뿐만 아니라 기존의 조직인 학교운영위원회(초중등교육법 제31조), 대학평의원회(사립학교법 제26조의 2), 노조(교원노조법, 일반노조법) 및 법인이사회(사립학교법 제15, 16조)의 기능이 서로 중복되어 교육공동체 집단간의 새로운 갈등관계를 발생시킨다. 뿐만 아니라, 사단의 힘으로 학교법인 이사를 비롯 교원인사위원, 교원징계위원 3분의 1이상을 추천(실제로는 선임)하는가 하면 학교운영위원 또는 대학평위원을 선임하도록 함으로써 학교운영위원회 또는 대학평의원회를 좌지우지하고, 학교 및 학교법인의 예산을 심의하며 「교무와 학사」를 독점하게 될 것이다.
이로 인해 학교가 정치판으로 변질되어 특정 이념의 실험장으로 전락할 우려가 있다. 이것은 학교법인의 경영권과 교육권 등을 침해하는 위헌적 요소다. 이러한 갈등 심화에 따른 피해는 결국 아동학생들이 입게 된다.
또, 거대규모의 대학교에서 극소규모의 중학교, 대학원 대학에 이르기까지 다양한데, 수천명에 달하는 교직원이 있는 학교나 극소수의 교직원이 있는 학교에 대하여 똑같이 ‘회’의 구성을 강제하는 일은 사리에도 맞지 않는다.
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