2005년 1월 7일 원불교 교정원장은 국방부장관에게 <원불교 민간성직자의 군부대내 종교활동 참여 승인>을 요청하는 공문을 송부 했다.
이에 대해 국방부장관은 4월 26일 회신공문을 통해
* 장병들의 참된 신앙생활을 위해 병영내 지정된 시설 및 장소에서 종교의식에 참여할 수 있으며
* 군종장교가 보직되어 있지 아니하거나 종교시설이 없는 부대의 장병은 소속 부대장의 허가를 받아 외부성직자를 초청하거나 인접부대 또는 인근 지역의 민간시설에서 종교의식에 참여할 수 있다는 내용의 지침을 전군에 지시했다고 회신해왔다.
* 각군 참모총장은 지시 내용을 군단급 이하에 내려 보낸 것으로 확인했다.
그러나, 일선 부대에서는 그런 공문을 받은 적이 없다고 하여 본 교단에서는 병력이 가장 많은 육군의 수장인 육군참모총장에게 재지시요청을 했다.
* 이에 대해 육군참모총장은 이미 지시를 내려보냈으니 이 지시를 다르지 않은 부대가 있을시 그 내용을 통보해주면 적절한 조치를 하겠다고 회신했다.
* 일선 부대를 관장하는 군종참모들은 공문을 받고도 예하부대에 지시하지 않고 있고, 또한 장관의 지시 내용 중 외부성직자의 요건은 기독교, 불교, 천주교에 한한다고 주장하고 있다.
공문에는 3대 종교를 언급한 귀절이 없다.
* 그럼, 이는 결과적으로 국방부장관이 원불교 교정원장에게 보낸 <민간성직자의 군부대내 종교활동 참여 승인 요청에 대한 회신> 내용이 본 군내 소수종교인 원불교 교단을 기만하는 결과를 낳는다고 추론할 수 밖에 없다.
* 결국 종교문제에 한해서는 군종장교들이 국방의 수장인 국방부장관보다 상위한다는 의미가 된다.
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