합성세제에서 가장 많이 사용되는 LAS는 ABS에 비하면 폐수 중에서 분해되기 쉽다고 하고 있으나, 실제로는 분해가 진행되지 않고 하천바닥의 진탕이나 어류의 체내에 다량으로 축적되기도 하고, 역시 수질오염의 원인이 된다. 가령 분해되더라도 페놀 등의 독성이 더 강한 물질을 생성할 가능성도 있다는 외국의 보고가 있다. 합성세제 자체도 독성이 있으며, 진한 액을 마시면 사망하는 일이 있다.

또 세제에 닿으면 피부장애가 일어나며, 세제가 피부를 통해 체내에 들어가면 재생불량성 빈혈의 원인이 되기도 하고, 신경계를 침해하여 감각마비를 일으키거나, 발암(發癌)을 촉진할 가능성을 가진다는 보고도 있다. 폴리염화비페닐과 복합오염이 단독오염인 경우보다도 생식기능이나 간기능을 저해하는 것이 동물실험에서 확인되었다는 보고도 있다. 또 증백제(增白劑)로 첨가되는 물질에 발암성의 의심이 있다고도 한다.

따라서 합성세제를 사용할 때는 세제가 직접 손에 닿지 않도록 고무장갑을 착용한다. 비누에 비하여 잘 헹구어지지만 그만큼 천에 다량의 세제가 잔류되며, 그 때문에 착용 때 체내에 진입할 염려가 있으므로, 비누의 경우보다 더 잘 헹굴 필요가 있다.

특히, 채소·과일을 장시간 세제액에 담구어 두는 일은 절대로 금해야 한다. 세제는 어린아이의 손이 닿지 않는 곳에 두며, 비누방울놀이에는 사용하지 말아야 한다.

또한 대부분의 치약에는 다량의 합성세제가 함유되어 있으므로, 어린이가 이를 닦을 때 조금이라도 삼키지 않도록 평소에 지도할 필요가 있다. 
(그래서 소금으로 이를 닦는 방법이 더 친환경적이고 더 잘 닦이고 뒤끝이 없다는 것이다.)