조갑제 기자는 "지금 천안함 사태에 초기 대응을 잘못한 합참의장을 형사처벌해야 한다는 주장을 하는 사람들이 있다."며 "공정성과 온건성과 진실의 원칙에 어긋 나는 주장이다."고 주장했다.

조 기자는 12일 자신의 홈페이지에 올린 글에서 "합참(合參)은 기습을 허용하고 초기 대응은 일부 잘못하였지만 생존자 전원(全員)을 구조하였고, 무엇보다도 폭침범 김정일의 지문을 현장에서 찾아내 우리가 반격할 수 있는 근거를 만들었다."면서 이 같이 밝혔다. 
 
조 기자는 이어 "잘 한 점과 잘못 한 점을 균형있게 살피면서 처벌의 정도를 결정해야 한다."며 "형사 처벌은 고의성이 있을 때 하는 것이다. 실수는 보통 처벌대상이 아니며, 중대한 과실일 경우에만 형사처벌을 한다. 합참의장의 행동에서 그런 고의성을 찾을 수 없다."고 강조했다.

그는 특히 "합참의장은 적(敵)의 불법 기습에 의한 피해자"라며 "피해자는 보호, 격려하는 게 우선이다. 그래도 처벌해야 한다면 적(敵)에 대한 응징과 균형을 맞추어야 한다. 북한 잠수함 기지를 폭격하자든지, 김정일을 죽이자든지, 그를 국제형사재판소에 넘기자는 주장을 한 사람이라야 합참의장의 형사처벌을 주장을 할 자격이 있는 게 아닌가."라고 적었다.

조 기자는 "김정일의 범죄는 덮어주면서 합참의장을 처벌하자고 주장하면 이는 공정성이 없는 정도가 아니라 이적(利敵)행위이다."고까지 규정했다.

그는 "한국에는 적(敵)과 권력자에겐 굽신거리고 아군(我軍)과 힘 없는 이들에겐 가혹한 사람들이 많다."며 "적(敵)과 악당을 응징할 용기가 부족하면 그 열등감을 만만한 집안 식구 욕하는 것으로 보상받으려는 이들이 있다."고도 꼬집었다.

조 기자는 이와 함께 "현역(現役) 대장의 옷을 벗기는 정도는 성이 안 차니 감옥에 집어넣어야 한다고 주장하는 이들은 잠시 손을 가슴에 얹고 그 기준을 자신의 평소 행동에 적용하여 나름대로 선고를 해보기를 권한다."고 덧붙였다.