"종교인 비과세는 건국이래 관행" 종교인에 대한 과세 여부가 논란이 된 것은 이번이 처음이 아니다. 지난해 초 '종교비판자유실현시민연대(종비련)' 등의 시민단체를 중심으로 종교인에게 근로소득세를 부과해야 한다는 주장이 제기하면서 부터다. 이들은 "현재 전국의 교회에 등록된 10만여 명의 목사 가운데 약 97% 이상이 소득신고를 하지 않고 있다"면서 "신도수 1000명 대의 교회 목사의 경우 1억원대의 연봉을 받고 있는 것으로 추정된다"고 주장했다. 이와 함께 이주성 전 국세청장을 "종교인들에게 근로소득세를 과세하지 않았다"는 이유로 직무유기라며 고발하기도 했다. 그러나 법원은 지난해 12월 "세법상 과세 규정이 없고 건국 이후 관행적으로 세금을 물리지 않았다"며 무혐의 처분을 내렸다. 실제로 정부는 지난해 여름 종교인 과세를 위한 연구 작업을 진행하기도 했으며 10월 국정감사에서는 "종교단체의 형태가 다양하고 종교인에 대한 소득구조도 매우 복잡해 해외사례를 고려해 과세 가능 여부를 신중히 결정하겠다"고 답변하기도 했다.

13일 열리는 조세연구원 공청회의 주제는 '공익법인의 회계 투명성'이다. 공익법인 중에서도 종교법인의 회계 투명성이 핵심으로 보인다. 최근 들어 사찰과 교회 등의 '가짜 기부금 영수증 발급' 사건 도 종교법인의 회계 투명성이 부족해 빚어지는 사건으로 재경부는 판단하고 있다.